viernes, 24 de enero de 2025

Nuestra Primera visita a la EEZ

 Jueves 23 Enero

Ayer fue una buena jornada. Visitasteis las instalaciones de un centro de investigación. La EEZ-CSIC, en concreto los laboratorios del departamento de Microbiología. Vamos donde tanto Paco como  Esperanza trabajan en investigación de reverso transcriptasas.

Además estuvimos acompañados por un equipo de Canal Sur, que nos han elegido como proyecto ejemplo de CAOS  de este año.



La jornada fue intensa, ya que se trataba de por un lado, confirmar que los experimentos llevado a cabo el pasado diciembre (ver entradas previas) se correspondían con lo que nuestro investigador decía.

Para ello, la sesión se dividió en tres partes.

La primera

se trataba de distinguir de visu (a la Lupa) el tipo de colonias que presenta la bacteria E coli frente a S meliloti.

Esta es la lupa de la que disponemos para tomar imagenes de las colonias. Lupa con la que se pudieron observar las diferencias en la forma de colonia, y es que:

    

Como apuntó Javier, de las diferencias más destacadas aparte del tamaño es el formato de colonia, mucho más irregular en el caso de E coli. Este hecho será importante tenerlo en cuenta a la hora de estar seguros de que trabajamos con S meliloti. Por cierto, la única bacteria que se terminará infectando con nuestro fago.

La segunda parte

ibamos a demostrar que tenemos verdaderos transconjugantes. Para ello, nuestro investigador propone que hagamos replicas de colonias individuales en un medio denominado ENDO-Agar, medio exclusivo para el crecimiento de E coli.

El resultado que esperamos obtener es:

Colonias que crezcan en medio TY km (con el antibiótico y que no crezcan en endo agar. Ello significará que lo que tenemos son colonias de S meliloti aisladas y con nuestros vectores que consistían en 4 tipos de construcciones:

 


Y por último la tercera parte consistió en la realización de diluciones seriadas de fago sobre césped de bacteria GR4 con el vector vacía (la tipo 1).

 


Pronto sabremos si las diluciones realizadas han sido adecuadas para responder a la pregunta lanzada por nuestro investigador: Cuanto fago hay en el tubo A, y en el tubo B y en el tubo C ???. Necesitamos tb conocer los márgenes de error derivados de nuestro conteo de calvas de fago.

 Este fin de semana se encuentran las placas en la estufa de nuestro centro El Ayala.


El lunes deberemos tomar fotos de los distintos resultados: 

 Son nuestras colonias aisladas sólo S meliloti o en algún caso son E coli???

Cual es la cantidad de fago presente en los tubos A, B y C???

Animo, que ya empezamos a estar en disposición de enfrentarnos a las preguntas del proyecto.

Aupa Equipo!!!!!!



martes, 14 de enero de 2025

Nuestra Primera Sesión on line (2ª Reunión)

 Miercoles 18 diciembre

El pasado Martes 17 de diciembre nos vimos las caras a través de pantallas del ordenador para discutir los resultados de nuestros extendidos y plantear los próximos pasos en nuestra investigación.

Foto de pantallazos de reunión…

Las conjugaciones salieron de libro, os recuerdo, para cada mezcla de bacterias a conjugar se puso a su vez un control negativo en el que la bacteria que hacia de puente (prK2013) entre la donadora del DNA y la aceptora no se añadía.


Así, en nuestros extendidos solo afloraron colonias aisladas (conjugantes positivos) en aquellas mezclas donde estaban las tres bacterias participantes (ver la siguiente imagen a modo de ejemplo


 

Sólo en la 5 aparecen colonias asiladas y no en las dos réplicas de la placa 6 donde no se añadió la bacteria helper (pRK2013). Igual sucedió con los demás constructos, ver documento conjugaciones en recursos.

Así pues, ya tenemos el material de partida para probar el efecto de las mutaciones en el locus UG5 sobre la resistencia a fagos en S. melloti.

Pero, en qué consisten esas mutaciones.

Son cambios puntuales en la proteína que codifica el gen UG5

Uno de ellos consiste en sustituir dos aspárticos (dd) a alaninas (aa). Este cambio está descrito que genera una proteína sin actividad reverso transcriptasa. El segundo mutante tiene cambiada una cisteína (la C876) a Alanina. Cisteína muy conservada en todas las enzimas nitrilasas estudiadas y que tiene importantes consecuencias en la actividad Nitrilasa.

Paco nos enseñó mediante un programa lector del ADN cómo se habían generado esas mutaciones.

Ya estamos en condiciones de entender hacia donde nos dirigimos y qué podremos esperar de nuestros próximos experimentos!!!

 

Aupa Equipo!!!


El manuscrito para el 14 volumen HSSASR

 Ya tiene forma. Ya solo nos queda aportar nuestras impresiones sobre el proyecto, o que hemos aprendido, adquirido, lo que suponemos que no...